Come prima cosa, appare questo:

---
title: "Esempio di File di testo"
author: "Ottavia M. Epifania"
date: "5/3/2022"
output: html_document
---

Questo è l’header YAML ed è dove andiamo a definire il tipo di file che vogliamo, il titolo, l’autore, la data.

Per compilare il file si può premere sul tasto knit oppure si può usare la combo di tasti shift + ctrl + k (per chi ha il Mac shift + cmd + k)

Siccome nel nostro header abbiamo output: html_document (il default), il file compilato sarà un file html

• Create un nuovo file

• Date un titolo a scelta

• Cliccate “knit”!

• Mettere un sottotitolo
• Togliere la data

Si può scegliere il tipo di file da compilare cambiando da output: html_document a output: pdf_document (Questa operazione si può svolgere anche cliccando sulla freccina accanto a knit e selezionando “Knit to PDF”)

Nel caso abbiate seguito la seconda strada, viene modificato lo YAML del file:

---
title: "Esempio di File di testo"
author: "Ottavia M. Epifania"
date: "5/3/2022"
output: 
  pdf_document: default
  html_document: default
---

Ma non preoccupatevi, è la stessa cosa!

Nello YAML andiamo ad indicare varie specifiche del nostro file (che vedremo in seguito).

Per ora, aggiungiamo un sottotitolo:

---
title: "Esempio di File di testo"
subititle: "Ecco il sottotitolo"
author: "Ottavia M. Epifania"
date: "5/3/2022"
output: 
  pdf_document: default
  html_document: default
---

Sono i titoli delle sezioni, sottosezioni e dei paragrafi

# Header 1

## Header 2

### Header 3

#### Header 4

Per aggiungere i numeri delle sezioni, basta aggiungere allo YAML: number_sections: true:

---
title: "Esempio di File"
subtitle: Sottotitolo
date: "5/3/2022"
author: Ottavia M. Epifania
  output:
    pdf_document: 
    number_sections: true
---

Per aggiungere l’indice, bisogna modificare lo YAML, aggiungendo l’elemento toc(Table Of Contents)

---
output:
  pdf_document: 
  number_sections: true
  toc: true
---  

con l’argomento toc_depth si può specificare il livello di profondità dell’indice.

Con toc_depth: 1 vengono riportati solo i titoli delle sezioni (Header 1), con toc_depth: 2 i titoli delle sezioni e sottosezioni (Header 1 e 2, default) e via discorrendo.

• Creare un documento
• Usare il nome del vostro dataset come titolo
• Sottotitolo a scelta
• Al posto della data \(\rightarrow\) Università di Padova

• Aggiungere almeno 3 headings (e.g., “Titolo 1”, “Titolo 2”, “Titolo 3”)
• Table of contents (hint: toc: true)

YAML:

---
output:
  pdf_document: 
   number_sections: true
      toc: true
      toc_depth: 1
  linestretch: 1.5
  geometry: margin=1in
---  

• Modificare i margini del documento a 0.5in
• Impostare l’interlinea di un punto e mezzo
• Mettere delle parole in corsivo, grassetto e corsetto
• Aggiungere delle parole colorate

• Aggiungere una parola colorata in grassetto
• Aggiungere una parola colorata in corsivo
• Aggiungere una parola colorata in corsetto

Nulla di più semplice:

Con i piedi[^1]

[^1]: ciao ciao

Un sacco di testo nel mio file 

[Parola](url-della-pagina)

[Chimica](https://www.youtube.com/watch?v=2rsteQ4OdLE)

Chimica

• Creare una unordered list
• Creare una ordered list
• Annidare una unordered list in una ordered list

• Inserire una list a scelta (ordered o unordered) in un block quote
• Inserire una lista a scelta (ordered o unordered) dentro un’altra lista a scelta dentro un block quote (Inception style 😎)
• Mettere due note a piè di pagina
• In una delle due note metter un link a una pagina wikipedia connessa al vostro dataset

In Word o simili siamo abituati a mettere “a mano” le figure, magari anche la bibliografia \(\rightarrow\) si mette tutto nel file di testo

In RMarkdown, le immagini, la bibliografia, gli eventuali dati e i risultati delle analisi devono essere importati all’interno del file

L’importazione è basata sui “percorsi” (le directory) dei file.

Fondamentalmente in due modi:

1. Il file che ci interessa è nella stessa cartella del file su cui stiamo lavorando:
   • Questa opzione va bene se abbiamo pochi file da importare
   • Ad ogni modo questa non è una soluzione ottimale \(\rightarrow\) troppo disordine
2. Si creano delle sottocartelle divise per tema (e.g., immagini, bibliografia, dati) \(\rightarrow\) è la soluzione ottimale che permette di avere tutti i file a disposizione e organizzati in modo lineare

Se volessi importare un’immagine nel mio documento chiamata “immagine.png” contenuta nella cartella “vignettes” dovrei scrivere:

```{r, fig.cap = "Caption", fig.align="center", out.width="50%"}
knitr::include_graphics(path = "vignettes/immagine.png")
```

(Funziona anche usando il codice ![Caption](vignettes/immagine.png))

• Nel vostro progetto, create la cartella img e la cartella bibliografia
• Scegliete due immagini da Google immagini (magari inerenti il vostro dataset 🐔, 🌺, 🚗) e salvatele nelle cartella img
• Importare le immagini, una con il codice Markdown, una con il codice RMarkdown

• Importare di nuovo una delle due immagini e allinearla a destra
• Importare di nuovo l’altra immagine e ridurre la dimensione al 10%

output:
  pdf_document: 
  keep_tex: yes
   number_sections: true
   toc: true
   toc_depth: 1
linestretch: 1.5
geometry: margin=1in 
bibliography: biblio.bib

Ecco fatto, messa la bibliografia!

Ovviamente, il file biblio.bib va creato ex-novo.

Se si usa questo codice, la bibliografia deve essere nella stessa cartella del file che stiamo creando. Se invece è in una sottocarella bibliography: bibliografia/biblio.bib

.bib è l’estensione del file. Sia R sia LaTeX riconoscono i file .bib come file di bibliografia.

1. Si decide qual è la letteratura rilevante per quello che stiamo facendo
2. si va su Google scholar e si copia la citazione in formato BibTex:

3. La citazione risulta essere:

```
@article{epifania2021implicit,
title={Implicit social cognition through the years: The Implicit Association Test at age 21.},
author={Epifania, Ottavia M and Anselmi, Pasquale and Robusto, Egidio},
journal={Psychology of Consciousness: Theory, Research, and Practice},
year={2021},
doi={https://doi.org/10.1037/cns0000305},
publisher={Educational Publishing Foundation}
}
```

4. La copiaincolliamo in un documento vuoto (il blocco note va benissimo)

5. Salviamo il documento con un nome a scelta (e.g., biblio) ma soprattutto ricordando l’estensione .bib

❗ epifania2021implicit è la “chiave” che ci permette di citare l’articolo nel testo

In fondo al file # Bibiografia

• Creare un file .bib che contenga questi due articoli su Google Scholar:
  • DscoreApp: a shiny web application for the computation of the implicit association test d-score
  • Implicit measures with reproducible results: The implicitMeasures package
• Salvare il file nella cartella bibliografia creata in precedenza
• Usare entrambe le citazioni con Autori e anno tra parentesi

• Sbizzarritevi con le citazioni

Le equazioni vengono risconosciute dal simbolo $.

Inline equation

$3 +2 =5$ risulta in \(3+2=5\), sulla stessa riga del testo che si sta scrivendo

Equation

Per scrivere le equazioni come blocchi di testo a parte, si usa il doppio dollaro. $$3 +2 =5$$ diventa \[3+2=5\] (anche se lo scrivo sulla stessa riga!)

Per inserire le lettere greche, basta scrivere la lettera greca che si desidera in caratteri latini all’interno dei dollari, preceduta da \.

Più semplicente, se vogliamo \(\delta\), non dobbiamo far altro che scrivere $\delta$

Se si vogliono le lettere greche maiuscolo, si mette in maiuscolo la prima lettera latina, per cui $\Delta$ risulta in \(\Delta\)

$\frac{num}{den}$ permette di scrivere le frazioni ($\frac{2}{3}$ \(\rightarrow\) \(\frac{2}{3}\))

$\sqrt{numero}$ è la radice quadrata ($\sqrt{4}$ \(\rightarrow\) \(\sqrt{4}\))

A questa pagina trovate una lista esaustiva dei simboli matematici

Il comando nel testo:

Nella breve lezione su LaTeX vedremo come usare al meglio e soprattutto in modo flessibile le cross-references

La tabella deve essere generata dal codice di R

Unfortunately, stargazer e bookdown non si parlano. A questa pagina discutono di come integrare i due pacchetti ma non funziona

Usiamo kable:

```{r cars-table}
knitr::kable(mtcars[1:5, ], caption = "Questo è un dataset")
```

Per richiamare nel testo \@ref(tab:cars-table).

Funziona solo con la funzione base plot:

```{r speed-dist, fig.cap="Grafico mpg-cilindrata"}
par(mar = c(4, 4, .2, .1))
plot(mtcars$mpg ~ mtcars$cyl)  # a boxplot
```

Per richiamrla nel testo \@ref(fig:speed-dist)

Molto semplicemente:

\begin{equation}
\bar{X} = \frac{\sum_{i=1}^n X_i}{n} (\#eq:media)
\end{equation}

Per richiamarla nel testo \@ref(eq:mean)